Kalkulator Berat Molekul Protein

Kategoria: Biologi
- April 04, 2025
| |
0
Valid

Berat molekul suatu protein dihitung menggunakan jumlah massa isotop rata-rata dari residu asam amino:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Dimana:

  • \(n_i\) = Jumlah setiap asam amino dalam urutan
  • \(MW_i\) = Berat molekul setiap asam amino
  • \(n_{peptide}\) = Jumlah total ikatan peptida
  • \(MW_{H_2O}\) = Berat molekul molekul air (18.02 Da)

Apa itu Kalkulator Berat Molekul Protein?

Kalkulator Berat Molekul Protein membantu menentukan berat molekul suatu protein berdasarkan urutan atau komposisi asam aminonya. Ini juga menghitung sifat tambahan seperti titik isoelektrik teoritis (pI), koefisien ekstinksi, hidrofobisitas (skor GRAVY), dan muatan bersih pada pH 7.

Bagaimana Cara Menggunakan Kalkulator

Kalkulator menawarkan beberapa cara untuk memasukkan data protein:

  • Metode Urutan: Masukkan urutan protein menggunakan kode asam amino satu huruf.
  • Metode Komposisi: Masukkan secara manual jumlah setiap asam amino.
  • Opsi Lanjutan: Terapkan modifikasi seperti asetilasi, ikatan disulfida, atau modifikasi terminal.

Fitur Utama

  • Menghitung berat molekul dalam Dalton (Da) dan kilodalton (kDa).
  • Menentukan pI teoritis berdasarkan nilai pKa asam amino.
  • Menghitung koefisien ekstinksi untuk absorbansi UV pada 280 nm.
  • Memperkirakan hidrofobisitas menggunakan skor GRAVY.
  • Memperhitungkan modifikasi kustom seperti fosforilasi, metilasi, dan amidasi.

Mengapa Berat Molekul Protein Penting?

Mengetahui berat molekul suatu protein sangat penting untuk:

  • Analisis elektroforesis (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Identifikasi spektrometri massa.
  • Purifikasi protein dan kromatografi.
  • Studi struktural dan fungsional.

Pertanyaan yang Sering Diajukan

Bagaimana pI teoritis dihitung?

Poin isoelektrik (pI) adalah pH di mana protein tidak memiliki muatan bersih. Ini dihitung menggunakan persamaan Henderson-Hasselbalch:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Apa itu koefisien ekstinksi?

Koefisien ekstinksi dihitung menggunakan jumlah residu triptofan (W), tirosin (Y), dan sistin (C):

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Bagaimana kalkulator menangani modifikasi?

Kalkulator memungkinkan Anda menerapkan berbagai modifikasi pasca-translasi, yang ditambahkan atau dikurangkan dari berat molekul protein.

Apa itu skor GRAVY?

Skor Grand Average of Hydropathy (GRAVY) adalah ukuran hidrofobisitas protein. Ini dihitung sebagai:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

Mengapa molekul air termasuk dalam perhitungan?

Setiap pembentukan ikatan peptida mengakibatkan hilangnya satu molekul air, sehingga massa total disesuaikan sesuai.

Kesimpulan

Kalkulator Berat Molekul Protein adalah alat yang berharga bagi peneliti dan mahasiswa di bidang biokimia dan biologi molekuler. Baik untuk menganalisis struktur protein, menjalankan eksperimen, atau menginterpretasikan hasil, alat ini menyediakan sifat molekuler yang penting dengan cepat dan akurat.